InnoDB setzt man ein um schnell Daten auszulesen. SELECT Anfragen werden hier schnell ausgeführt. MyISAM hingegen ist bei SELECT anfragen etwas langsamer aber dafür bei INSERT und UPDATE Anfragen schnell wie der Blitz. Daher kommt es häufig vor, dass man in einer Datenbank beide Formate vortrifft. Ich habe ein Projekt bei dem ich die Pageviews / Impressions tracke. Hier schreibe ich die Views in eine MyISAM Datenbank. Die Models der einzelnen Seiten speicher ich dagegen in eine InnoDB. Weil ich sie schnell ausgeliefert haben möchte.
Jetzt komme ich aber zu einem kritischen Punkt der genaue beide Vorteile der beiden Engines benötigt. Eine Volltextsuche. MyISAM hat hier die Nase vorne. Sie bietet eine integrierte Voltextsuche an. Sie ist aber langsamer beim ausliefern. Hier wäre eine Hybridengine wünschenswert.
Bei kleinen Anwednungen mag das nichts ins gewicht fallen aber bei größeren schon. Vor allem bei XHR Suggestion Anfragen. Und hier kommen dann SearchEngines wie Solr oder ElasticSearch ins Spiel. Was den Wartungsaufwand um einiges erhöht. Aber so ist es halt.